食品作坊需要办理的证件主要包括以下几项：
到所在地工商行政管理局办理，需要携带身份证原件及复印件。
到所在地疾病预防控制中心进行体检并办理，这是从事食品工作的人员必须持有的证件。
需携带身份证、健康证、房屋产权证或租房合同等资料，到所在地食品药品监督管理局办理。
到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理，需要提供包括营业执照、健康证、食品生产主要设备设施、食品原辅料清单、食品安全规章制度等一系列资料。
从事生产、经营的纳税人需要向当地税务机关申报办理，以取得税务登记凭证。
由全国组织机构代码管理中心负责办理，用于证明单位的合法身份。
需要通过消防检测并验收合格，由主管环保局签署意见并加盖公章。
根据实际需要，可能还需要办理环保许可证。
对于家庭小作坊，需要取得《食品小作坊登记证》。
根据具体经营情况，可能还需要办理其他相关的许可和证书，如ISO9001国际质量管理体系及HACCP食品安全管理体系认证。
综上所述，食品作坊需办理的证件包括工商营业执照、健康证、食品流通许可证、食品生产加工小作坊许可证、税务登记证、组织机构代码证、消防安全证书、环保许可证（如需要）、食品小作坊登记证等。建议办理这些证件时，提前咨询当地相关部门，确保准备齐全所有必需的材料，并按照规定的流程进行申请和审批。