一是泥石流灾害。
南方地区的山体一般都有树木森林覆盖，树木根系发达，深扎入泥土、石头缝隙，成为保护山体的坚强后盾。现在搞水稻上山，山体表层全部变成了稻田。稻田收割完之后，山体就是光秃秃的了。遇到大雨，蓬松的泥土没有保护层，是不是很容易发生泥石流灾害？
二是山体滑坡。
有些地区山太高，那水稻上山的水稻田就是围着山脚和山腰走一圈，山顶还是有植被。这相当于整个山体的腰基给松动了。人腰肌劳损了人要倒，山腰基松动了山会不会塌？
道理是一样的。山腰不硬，久而久之，山体就可能发生滑坡。为了防止生山体滑坡，就应该强基壮腰。我们看到不少山区的高速公路，腰基都是用石头垒起来了，还有排水引水沟渠，就是怕山体滑坡吗？现在搞水稻上山，是不是更容易发生山体滑坡？
三是局部温室气候变化。
山体批满了绿色植被，跟山上种水稻时喷药下肥、不种水稻时山体光秃秃，局部气候必然会发生变化。大面积森林改为水田，会不会引发局部温室气候变化？肯定会。
大自然给山体的植被，是大山的守护神，是抵御灾害的抗体。我们应该尊重大自然，敬畏大自然，破坏大自然必然会遭到大自然的惩罚。
水稻上山，最大的危险或许还是生态变化带来的自然灾害。这个问题不是即时爆发的，但潜伏的危险是长期的，影响是久远的。