如果您已经还清了分期款项，但系统仍然扣款，您可以采取以下步骤来解决问题：
确认还款日期和金额，并保留所有相关的还款记录、银行转账记录或短信通知等证据。
核实账户中是否有重复扣款的情况，并确认扣款金额是否正确。
尽快联系贷款机构或银行的客服部门，说明情况并提供还款证明，要求退还重复扣除的金额。
如果您有设置自动还款，检查并调整自动还款金额或取消自动还款功能，以避免未来发生类似情况。
如果系统延迟或出现故障导致重复扣款，您可以向贷款机构或银行反映情况，要求他们查明原因并解决问题。
如果以上步骤无法解决问题，您可以考虑咨询律师或向当地消费者协会或金融监管部门投诉，寻求法律途径解决。
查看账单：确认还款日期和金额，并保留所有相关的还款记录、银行转账记录或短信通知等证据。
联系客服：尽快联系贷款机构或银行的客服部门，说明情况并提供还款证明，要求退还重复扣除的金额。
调整设置：如果您有设置自动还款，检查并调整自动还款金额或取消自动还款功能，以避免未来发生类似情况。
检查系统：如果系统延迟或出现故障导致重复扣款，您可以向贷款机构或银行反映情况，要求他们查明原因并解决问题。
法律途径：如果以上步骤无法解决问题，您可以考虑咨询律师或向当地消费者协会或金融监管部门投诉，寻求法律途径解决。
希望这些建议能帮助您解决问题。