当审计出问题时，应按照以下步骤进行处理：
审计人员应对发现的问题进行详细记录，包括问题的性质、涉及的金额、影响范围等。
同时，需要注明相应的证据和依据，以便后续处理。
审计人员需要对发现的问题进行分析，包括问题的原因、影响、风险等。
通过分析，可以更好地了解问题的实际情况，为后续处理提供参考。
审计人员需要及时通知相关人员，包括被审计单位、上级领导、监管机构等。
通知应当包括发现的问题、建议的解决方案等。
根据问题的性质和影响范围，审计人员可以建议被审计单位采取相应的措施，如调整账务、补缴税款、追回资产等。
同时，需要确保措施的合法性和有效性。
审计人员需要跟踪问题的处理进展，及时向相关人员提供反馈和报告。
同时，需要确保问题得到妥善解决，避免产生后续影响。
在问题处理完毕后，审计人员应总结经验教训，以便改进未来的审计工作。
此外，审计报告应遵循《中华人民共和国国家审计准则》第一百二十三条第一款第六项的规定，确保审计发现问题定性、处理、处罚的依据标准明确，严格遵循“事实清楚、证据确凿、定性准确、处理合法、处罚适当”的二十字要求。
对于整改工作，需要各级管理层高度重视，审计单位（部门）应加强指导和督促，被审计单位需积极配合，相关职能管理部门也应提供支持。确保审计整改的“一把手工程”地位，劝说一把手亲自开会布置任务，确保整改工作能在实际执行中更好地推动。
若被审计单位对审计决定不服，可以申请行政复议或提起行政诉讼。被审计单位有权依法向有权受理的行政复议机构进行申请，或者向法院提出诉讼请求，以维护其合法权益。